Katedra chirurgii UJ w Krakowie (1882–1887) mały|Mikulicz i jego asystenci w Krakowie W 1882 został profesorem w Krakowie, obejmując zwolnioną po śmierci Antoniego Bryka katedrę. Mikulicz osobiście zgłosił swoją kandydaturę; prócz niego Rada Wydziału Lekarskiego UJ wzięła pod uwagę dziewięciu innych kandydatówKozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 78–80.: Jana Edwarda Hofmokla Cajetana Horocha Jana Kolaczka Juliana Kosińskiego Leona Władysława Lessera Władysława Matlakowskiego Alfreda Obalińskiego Ludwika Rydygiera .
W głosowaniu większość Rady Wydziału opowiedziała się za kandydaturą Rydygiera, część wybrała Lessera. W piśmie do Ministerstwa przedstawiono ich jako kandydatów do nominacji, odpowiednio, primo loco i secundo loco, z zaznaczeniem że kandydatura Mikulicza nie była brana pod uwagę ze względu na jego niedostateczną znajomość polskiego. Ministerstwo w piśmie z 9 lipca 1882 roku odpowiedziało, że Mikulicz ma wystarczającą znajomość języka, aby móc wykładać, przypomniano też Radzie, że obcokrajowców (nie-Austriaków) powoływać należy tylko wtedy, gdy nie ma odpowiednich kandydatów. W tej sytuacji rada wysunęła nominacje Hofmokla i Obalińskiego, obu poddanych austriackich. Ostatecznie, Mikulicz otrzymał nominację (Ernennung) na krakowską katedrę we wrześniu 1882 roku.