21 października 1882 wprowadzono go do rady Wydziału Lekarskiego, a 23 października wygłosił wykład, w którym po raz pierwszy i ostatni publicznie zadeklarował swoją polską narodowośćKozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 82..
Początkowo Mikulicz miał problemy językowe; według Schramma wykłady przygotowywał na piśmie i dawał mu do poprawienia.
W latach 1882–1887 kierując Katedrą i Kliniką Chirurgiczną UJ zorganizował nauczanie chirurgii w Krakowie oraz unowocześnił klinikę i pobudził ruch naukowy. Klinika chirurgiczna obliczona na kilkunastu studentów, mieściła ich od 100 do 150. Sala operacyjna była mała, ciemna i źle wietrzona, na jej ścianach znajdowały się gipsowe odlewy i obrazy z kolekcji Bierkowskiego. Mikulicz kazał pobielić ściany sali operacyjnej, powiększyć okna, przenieść kolekcję obrazów, znalazł miejsce na pokój dla chorych, przeznaczył osobną salę na zabiegi operacyjne na jamie brzusznej. Asystentami Mikulicza w tym czasie byli Schramm, Rudolf Trzebicky i Aleksander Bossowski. Uczniami Mikulicza w Krakowie byli ponadto m.in. Antoni Gabryszewski, Roman Sondermayer, Czesław Górski i Ignacy Link.
W 1887 roku Mikulicz przyjął ofertę katedry w Królewcu i opuścił Kraków.