Jego następcą w Krakowie został Ludwik Rydygier.
Katedra chirurgii w Królewcu (1887–1890) Klinikę w Królewcu Mikulicz objął 1 kwietnia 1887 rokuKozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 105.. Wiadomo, że otrzymując nominację pokonał czterech kandydatów: , , Ernsta Georga Küstera i Ottona Wilhelma MadelungaKozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 234..
W Królewcu nawiązał znajomości i później przyjaźnie z profesorem interny Bernhardem Naunynem, literatem Felixem Dahnem i zoologiem Carlem Chunem.
Klinika chirurgiczna w Królewcu była wyposażona w cztery sale, dwie męskie, jedną kobiecą i jedną dziecięcą. Zabiegi wykonywano w sali wykładowej.
Po niedługim czasie Mikulicz dostał możliwość, z myślą o której przeniósł się do Królewca: powołania na katedrę w innym niemieckim mieście. Jednak stanowisko profesora na Uniwersytecie Marcina Lutra w Halle po Richardzie Volkmannie zostało przyznane , Mikulicz otrzymał jedynie tytuł tajnego radcy lekarskiego (Geheimer Medizinalrat)Kozuschek, Jan Mikulicz-Radecki 1850-1905... s. 106–108.. Parę miesięcy później Mikulicz otrzymał kolejną propozycję, zostania dyrektorem Kliniki Chirurgicznej we Wrocławiu, wcześniej kierowanej przez .