Reputacja polityczna Houstona nadal cierpiała w związku z rozgłosem związanym z procesem dotyczącym jego napaści na Stanbery’ego. Poprosił on swoją drugą żonę, Czirokezkę Tianę Rogers, by udała się wraz z nim do Teksasu meksykańskiego. Zdecydowała się ona pozostać w ich chacie, która mieściła się w obecnym stanie Kansas. W 1836 roku wyszła ona za Samuela D. McGrady’ego, a w 1838 roku zmarła na zapalenie płuc. Houston oficjalnie rozwiódł się z Elizą Allen dopiero w 1837 roku.
W grudniu 1832 roku Houston udał się do Teksasu i zajął się on polityką regionu, który nadal był częścią meksykańskiego stanu Coahuila y Tejas. Kiedy w 1833 roku Houston uczestniczył w konwencji, reprezentując miasto Nacogdoches, stał się zwolennikiem braci Williama H. Whartona oraz Johna A. Whartona, którzy propagowali niepodległość Teksasu od Meksyku. W 1835 roku Houston wziął z kolei udział w 3. teksańskiej naradzie. W listopadzie 1835 roku armia teksańska mianowała go stopniem generała-majora. W 1836 roku, by rozwiać obawy Czirokezów ze wschodniego Teksasu związane z niepodległością, Houston wynegocjował z nimi pokojowe porozumienie.