W marcu 1836 roku, podczas konwencji obradującej na temat niepodległości Teksasu, Houston został wybrany na stanowisko naczelnego dowódcy teksańskich sił zbrojnych (commander-in-chief).
2 marca 1836 roku, w dzień 43. urodzin Houstona, podpisał on deklarację niepodległości Teksasu. 6 marca, podczas bitwy na terenie misji Alamo, pod koniec 13-dniowego oblężenia meksykańscy żołnierze zabili wszystkich obrońców Alamo. 11 marca Houston dołączył do nowo powstałej armii w Gonzales, gdzie stacjonowało 374 słabo wyszkolonych i wytrenowanych rekrutów.