W 1809 roku, mając 16 lat, Sam uciekł z domu, ponieważ był on niezadowolony z pracy jako sprzedawca w sklepie swoich starszych braci.
Houston przeniósł się na południowy zachód, gdzie przez kilka lat mieszkał z, prowadzonym przez Ahuludegiego (znany też jako Oolooteka), plemieniem Czirokezów na Hiwassee Island na rzece Hiwassee, powyżej konfluencji z rzeką Tennessee. Ahuludegi został dziedzicznym wodzem po tym jak jego brat przeniósł się na zachód; tamtejsi Amerykanie pochodzenia angielskiego nazywali go John Jolly. Został on adopcyjnym ojcem Houstona i nadał mu czirokeskie imię Colonneh, co oznacza „kruka”. Mieszkając z tym plemieniem Houston opanował płynnie język czirokeski. Odwiedzał on swoją rodzinę w Maryville co kilka miesięcy. W 1812 roku powrócił on do Maryville i wieku 19 lat zatrudniony został jako nauczyciel w szkole z jedną salą, będącą najstarszą w stanie Tennessee w hrabstwie Blount.