Wojna brytyjsko-amerykańska W 1813 roku Houston zgłosił się na szkolenie w Camp Blount niedaleko centrum obecnego miasta Fayetteville i jako szeregowy zaciągnął się do armii by walczyć z Brytyjczykami w wojnie brytyjsko-amerykańskiej. W sierpniu tamtego roku został on przeniesiony do 39. pułku piechoty, a w grudniu awansował do stopnia Third Lieutenant. W marcu 1814 roku, podczas bitwy nad Horseshoe Bend, został on raniony strzałą Krików w udo. Rana została obandażowana i ponownie dołączył on do walki. Kiedy Andrew Jackson wezwał ochotników by wyprzeć z ich przedpiersia grupę Red Sticksów (odłam Krików), Houston pomógł, lecz podczas ataku został raniony kulami w bark i rękę. Jako niepełnosprawny weteran powrócił on do Maryville, ale później przyjął od armii propozycję darmowej operacji, i do zdrowia przychodził w szpitalu w Nowym Orleanie.
Houston zbliżył się do Jacksona, który, pełniąc funkcję mentora, był pod jego wrażeniem. W 1817 roku Jackson mianował go indiańskim agentem (subagent / Indian agent) by kierować przeniesieniem Czirokezów ze wschodniego Tennessee do rezerwatu na terenie obecnego stanu Arkansas. Między Houstonem a ówczesnym sekretarzem wojny Johnem C. Calhounem dochodziło do nieporozumień;