W 1827 roku Houston wygrał w wyborach na gubernatora stanu Tennessee, pokonując Newtona Cannona oraz Williego Blounta. W 1829 roku planował on wystartować w wyborach o reelekcję, ale wkrótce został osaczony pogłoskami o jego alkoholizmie i niewierności. Houston zrezygnował ze stanowiska po tym jak jego żona, Eliza Allen, niedługo po ich ślubie, zostawiła go, i na forum publicznym swoimi stwierdzeniami wprawiła go w zakłopotanie. Niezależnie od przyczyny skandal spowodował, że musiał on zrezygnować ze stanowiska gubernatora.
Kontrowersje i proces W celu ujawnienia oszustw dokonanych przez agentów rządowych przeciwko Czirokezom, w 1830 i 1832 roku Houston udał się do Waszyngtonu. W kwietniu 1832 roku, podczas jego wizyty w Waszyngtonie, przeciwny Jacksonowi kongresmen z Ohio, William Stanbery, w przemówieniu wygłoszonym na forum Kongresu wniósł przeciwko Houstonowi oskarżenia. Atakując Jacksona przez Houstona, protegowanego tego pierwszego, Stanbery oskarżył tego drugiego o bycie w zmowie z Johnem Van Fossenem i kongresmenem Robertem S. Rose’em. Ta trójka otrzymała ofertę zaopatrywania w racje różnych plemion indiańskich, którzy byli przymusowo przesiedlani na zachód od rzeki Missisipi, co było spowodowane ustawą Indian Removal Act z 1830 roku, podpisaną przez Jacksona.