podczas spotkania Calhoun zbeształ go za przyjście ubranym jako Czirokez. Co więcej, wszczęto śledztwo z zarzutami związanymi z zarządzaniem przez Houstona przydziałem państwowych pieniędzy dla rdzennych mieszkańców Ameryki. W 1818 roku urażony Houston zwolnił się z armii.
Polityka w Tennessee Po odbyciu, w okresie sześciu miesięcy, praktyki u sędziego Jamesa Trimble’a, Houston zdał w Nashville egzamin adwokacki, po czym w Lebanon otworzył kancelarię adwokacką. W 1818 roku Houston mianowany został prokuratorem okręgowym w Nashville; pracował tam przez dwa lata. W 1821 roku Houstonowi powierzono dowództwo w milicji stanowej Tennessee.
W 1822 roku Houston wybrany został do Izby Reprezentantów, będąc przedstawicielem stanu Tennessee. Był on zagorzałym zwolennikiem swojego towarzysza, demokraty Andrew Jacksona, chociaż mieli oni odmienne zdanie na temat traktowania Indian. Był on powszechnie uważany za politycznie protegowanego Jacksona. Houston był reprezentantem w Kongresie w latach 1823–1827. W 1827 roku odmówił on wzięcia udziału w ponownych wyborach do Kongresu.