Początkowo, krótko – był przetrzymywany w obozie przejściowym w Szepietówce, a następnie do kwietnia 1940 przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku, skąd wysłał list do rodziny, który otrzymali w końcu grudniu 1939. Między 15 a 17 kwietnia 1940 przekazano go do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 032/2 z 14 kwietnia 1940, pozycja 72. Został zamordowany między 16 a 19 kwietnia 1940 w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 prawdopodobnie zidentyfikowano go podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, pod numerem 3124 – raport dzienny z 25 maja 1943. Przy badanych szczątkach znaleziono dwie wizytówki na nazwisko „Stanisław Machowski”. Na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 03124 wskazany, jako nierozpoznany – porucznik.

Był żonaty i miał dwoje dzieci: Stanisława Marjana (ur. 22 października 1922) oraz Danutę Krystynę (ur. 1925).