Tak ujęta relacja łaski i wolnej woli wywołała opory w niektórych środowiskach kościelnych. Stały się one szczególnie silne, gdy Molina w 1588 r. w dziele Concordia liberi arbitrii cum gratiae donis, divina praescientia, providentia, praedestinatione et reprobatione (Uzgodnienie wolnej woli z darami łaski, boską przedwiedzą, opatrznością, przeznaczeniem i potępieniem) przedstawił systematycznie ułożone i logicznie spójne założenia swojej teologii. W opozycji do Moliny stanęli zwłaszcza dominikanie (reprezentujący tomizm) w osobie Domingo Báñeza (1528–1604), który mówił o Bożym współdziałaniu (nadrzędna wolność Boga) z ludzkimi czynnościami jako o praemotio physica (łac. „uprzednie fizyczne poruszenie”).
Jednym z przekonań teologii molinizmu jest tzw. znajomość przygodnych przyszłości przez Boga (scientia condicionata). W skrócie oznacza to, że Bóg zna nie tylko całą przyszłość faktyczną (przeznaczenie), ale także to, co działoby się i co konkretny człowiek by uczynił, gdyby okoliczności były inne.
Twórczym rozwinięciem teorii Moliny było dzieło Francisco Suareza De gratia, w którym ceniony autor wyłożył zasady tzw. kongruizmu (od congruus - łac. "zbieżny").