Rozwój osadnictwa thumb|250px|Ruiny miasta Gonur Cywilizacja Oxus rozwijała się przede wszystkim na obszarze Margiany. Rozwój osadnictwa nastąpił w sąsiedztwie subdelty rzeki Mugrabu oraz wzdłuż odnóg tej rzeki. Głównym miastem w subdelcie rzeki Murgab było Gonur (dzisiejszy Turkmenistan), które pełniło funkcję stolicy oazy. Powstanie miasta Gonur za pomocą metody radiowęglowej datuje się na około 2300–2250 rok p.n.e. Gonur było zapewne siedzibą władcy-kapłana, miasto było otoczone murami obronnymi, posiadało cytadele, występowały zespoły świątynie oraz natrafiono na ślady Królewskiej Nekropolii. Innymi ośrodkami powstałymi na obszarze Margiany były m.in. osiedla Altyn depe i Togolog (dzisiejszy Turkmenistan).
Osadnictwo w Baktrii jest gorzej poznane niż w Margianie. Zasiedlenie Baktrii nastąpiło w środkowej epoce brązu (około 2000-1600 roku p.n.e.) przez ludność Cywilizacji Oxus. Na terenie Baktrii odkryto bardziej złożone formy budownictwa (np. cytadel), które stanowiły kolejny etap rozwoju budownictwa margiańskiego. Na terenie Baktrii rozwijały się osady o charakterze proto-miejskim, m.in. Sapallitepe (dzisiejszy Uzbekistan) i Daszly nad rzeką Balchab (dzisiejszy Afganistan).