W czasie kampanii wrześniowej, po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 w nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej i od kwietnia 1940 przebywał w obozie jenieckim w Kozielsku. Między 7 a 9 kwietnia 1940 przekazano go do dyspozycji naczelnika Zarządu NKWD Obwodu Smoleńskiego – lista wywózkowa 015/2 z 5 kwietnia 1940, pozycja 14. Został zamordowany między 9 a 11 kwietnia 1940 w Katyniu przez funkcjonariuszy Obwodowego Zarządu NKWD w Smoleńsku oraz pracowników NKWD przybyłych z Moskwy na mocy decyzji Biura Politycznego KC WKP(b) z 5 marca 1940. Ofiary tej zbrodni grzebano w bezimiennych mogiłach zbiorowych, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 zidentyfikowano go podczas ekshumacji nadzorowanych przez Niemców, pod numerem 462 – raport dzienny z 24 kwietnia 1943. Przy jego szczątkach znaleziono: książkę PKO, pugilares oraz notatnik. Figuruje na liście Komisji Technicznej PCK pod numerem 0462, wskazany jako „Pyszko Jan – oficer - ur. 9. 6. 1881 r. w Kutnie, zam.