W medycynie opartej na faktach dietoterapię stosuje się wyłącznie w przypadku chorób których przyczyną pierwotna jest niewłaściwa lub źle zbilansowana dieta. W medycynie niekonwencjonalnej natomiast przypisuje się działanie terapeutyczne dietom alternatywnym w przypadku różnych schorzeń również niezależnych od diety (np. nowotwory).
Schorzenia których patogenezą jest niewłaściwa dieta Do schorzeń z żywieniowym czynnikiem ryzyka – w patogenezie których istotną rolę odgrywają nieprawidłowości w diecie – zaliczane są przede wszystkim: otyłość; niedożywienie i powiązane opóźnienie wzrostu i dojrzewania; zaburzenia czynnościowe pracy układu krążenia, miażdżyca i inne choroby układu krążenia na tle miażdżycowym (np. choroba niedokrwienna serca, niewydolność serca, zawał mięśnia sercowego); nadciśnienie tętnicze; subkliniczne stany niedoboru witamin i składników mineralnych, awitaminoza hiperwitaminoza próchnica zębów
Do schorzeń zależnych od diety zalicza się niedokrwistość występującą u dzieci między 6 a 18 miesiącem życia, która jest spowodowana niekarmieniem mlekiem matki lub zmniejszonymi zapasami z życia płodowego (wcześniaki).
Wykazano, że wadliwe, niedoborowe lub nadmierne i jednostronne żywienie może zwiększać ryzyko zachorowania na jedną z ponad 80 rodzajów chorób.