Po śmierci Usmana Zubajr początkowo uznał wybór Alego, później jednak przyłączył się do opozycji wobec niego, która skupiła się w Mekce wokół wdowy po Mahomecie A'iszy. A'isza wraz z Zubajrem oraz innym dawnym członkiem szury, Talhą, mieli teraz ogłosić, że Usman został bezprawnie pozbawiony życia a nowy kalif jest odpowiedzialny za jego śmierć. Nowi sprzymierzeńcy udali się do Basry, gdzie zrekrutowali nowe oddziały do swojej armii, po czym starli się z Alim nieopodal miasta w listopadzie 656 roku. W wyniku tzw. Bitwy Wielbłądziej sprzymierzeńcy ponieśli klęskę, a Zubajr wraz z Talhą zginęli. Abd Allah ibn al-Abbas miał później oskarżać Zubajra o tchórzostwo, twierdząc iż „uciekał lecz nie atakował, walczył lecz nie postępował” (Ibn Abi al-Hadid, IX, 327). Tradycja szyicka podtrzymuje jednak, że Zubajr nie walczył z Alim nie z powodu tchórzostwa, lecz ponieważ po spotkaniu z nim podczas wcześniejszej wymiany zdań nie chciał podnosić na niego ręki. Wydaje się, że prawdziwym powodem zachowania się Zubajra podczas bitwy była jednak świadomość, iż nawet w razie zwycięstwa nie ma on szans na kalifat w sytuacji gdy A'isza popierała Talhę. W tej sytuacji opuszczenie pola bitwy wydawało się najrozsądniejsze.