Nawa główna Nawę przykrywa sklepienie kolebkowe z lunetami, które jest surowe, nieozdobione żadnymi obrazami. Kopuła kościoła została zbudowana nad kwadratowym przecięciem nawy i transeptu. Wsparta jest na bębnie, który z kolei poprzez pendentywy wspiera się na czterech potężnych narożnych zestawach pilastrów. Każdy z pilastrów połączony jest półkolistym łukiem z sąsiednim. Ubogie pilastry w nawie oryginalnego kościoła zostały podporządkowane półokrągłym łukom wspieranym przez pary podwójnych kolumn wzrastających z kamiennych postumentów. Te wspaniałe przykłady palladiańskiego motywu stoją całkowicie oddzielone od pilastrów nawy. Wnętrze przebudowanego kościoła jest bardzo bogato zdobione. Kolumny Serliana mają ścisły spiralny wzór na 2/3 długości ich trzonu, a dolna część ma bardziej skomplikowane geometryczne grawerowanie. Spodnia strona łuków naw ma wyrazisty, kwiatowy wzór dekoracyjny. Buonamici podniósł wysokość sklepionej nawy za pomocą ciągłego gzymsu. Otwory okienne umieszczone nad bocznymi kaplicami pozwalają na wnikanie większej ilości światła do wnętrza kościoła. Pomiędzy trzecią a czwartą kaplicą po lewej stronie umiejscowiona jest misternie rzeźbiona drewniana ambona, ze wspaniale wykonanymi figurami Niepokalanej Matki Jezusa, św. Ignacego, św. Pawła oraz św. Franciszka Ksawerego.