Pod podłogą nawy znajduje się kilka miejsc pochówku, zaznaczonych marmurowymi płytami.
Prezbiterium Prezbiterium wyłamuje się z prostokątnej ogólnej bryły kościoła, wpuszczone zostało w ogólną strukturę kompleksu. Marmurowy ołtarz główny dziś stojący w kościele został umieszczony w prezbiterium w listopadzie 1730, zastępując dotychczasowy. Obraz tytularny umieszczony na ołtarzu przedstawia Obrzezanie Dzieciątka Jezus, chociaż kościół jest ogólnie znany jako kościół jezuitów z powodu powiązania z tym zakonem i kolegium. Obraz jest dziełem (ok. 1544–1616), włoskiego malarza, który pracował na Malcie pod koniec XVI wieku. Obraz ten jest postrzegany jako jedno z najlepszych jego dzieł. Został odnowiony na początku XX wieku. Balustrada oddzielająca prezbiterium jest wspaniałym przykładem lokalnego rękodzieła artystycznego. Na bocznych ścianach prezbiterium wiszą dwa duże owalne obrazy przedstawiające Świętego Jana Chrzciciela oraz Świętą Annę. Oba są dziełem Giuseppe D'Areny.