Przed wybuchem II wojny światowej dokonano reorganizacji przedsiębiorstwa, przekształcając dział stoczniowy w osobną spółkę Saunders Shipyard Ltd. Podczas wojny Saunders-Roe produkował, zaprojektowane w wytwórni Supermarine, łodzie latające Walrus i Sea Otter. Otworzone wówczas zostały nowe zakłady produkcyjne w Llanfaes, na wyspie Anglesey, gdzie serwisowane były łodzie latające Consolidated Catalina.
Na przełomie lat 40. i 50. Saunders-Roe przeprowadzało próby eksperymentalnych łodzi latających: SR.A/1, mającej pełnić rolę samolotu myśliwskiego, oraz SR.45 Princess, największej w historii łodzi latającej o konstrukcji metalowej, o rozpiętości 66,99 m i długości 45 m, przeznaczonej do transatlantyckich lotów pasażerskich. Oba projekty zostały jednak zarzucone. Podobny los spotkał opracowany w 1957 roku myśliwiec o mieszanym napędzie odrzutowo-rakietowym SR.53, ostatni samolot wyprodukowany przez Saunders-Roe.
Po przejęciu w 1951 roku spółki Cierva Autogiro Company, Saunders-Roe podjęło produkcję śmigłowców. W latach 50. spółka rozpoczęła także prace nad poduszkowcami.