W czasie kampanii wrześniowej 1939, po agresji ZSRR na Polskę, w nieznanych okolicznościach dostał się do niewoli sowieckiej. Osadzono go w obozie jenieckim NKWD w Kozielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w lesie katyńskim i tam pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej, gdzie od 28 lipca 2000 mieści się oficjalnie Polski Cmentarz Wojenny w Katyniu. W miejscu tym prowadzone były ekshumacje i prace archeologiczne. W 1943 ciało Teodora Bobowskiego zostało zidentyfikowane w toku ekshumacji prowadzonych przez Niemców pod numerem 1345, a przy zwłokach znaleziono kartę szczep. 1770. Figuruje na liście wywózkowej 022/1 z 9 kwietnia 1940 i liście PCK (AM) 1345.
Był żonaty z Zofią Marią z Kraszewskich (1895–1987), z którą miał cztery córki: Urszulę Barbarę (1919–2010), Irenę Bronisławę (1920–1942), Teodorę Michalinę (ur. 1922) i Helenę Wandę (ur. 1926) oraz syna Stanisława Adama (1924–1985)..
Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości – 20 lipca 1932 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości” Krzyż Walecznych Odznaka Pamiątkowa Wojsk Wielkopolskich Krzyż na Śląskiej Wstędze Waleczności i Zasługi