Powstanie styczniowe Do Krakowa powrócił przed wybuchem powstania styczniowego.. Obawiając się aresztowania (w związku ze sprawą próby odbicia rekrutów), zaczął używać imienia i dokumentów poległego brata podała, że tożsamością brata zaczął posługiwać się już po powrocie do Polski.. Stąd też w późniejszych biografiach obaj byli ze sobą myleni; ; ; ; .. Po rozpoczęciu zrywu w zaborze rosyjskim, wstąpił w lutym 1863 roku do oddziału pułkownika Leona Czechowskiego i majora Władysława Englerta, również weteranów walk na Węgrzech. Uzyskał rangę kapitana i dowodził kompanią karabinierów. Po klęsce partii Czechowskiego (20 marca) wrócił do Krakowa; ; .. Jednak już w kwietniu tego samego roku, ponownie włączył się do walki zbrojnej, zabierając ze sobą brata, KazimierzaKazimierz Wilhelm (ur. 6 kwietnia 1841, zm. 17 grudnia 1882), dziesiąty z rodzeństwa Matejków, cieszył się sympatią całej rodziny, ceniącej jego spokój, skromność, ale i zaradność. W powstaniu styczniowym walczył do wiosny 1864 roku. Miał dwóch synów. Po jego śmierci Jan Matejko wziął na siebie wspomaganie wdowy comiesięcznym zasiłkiem pieniężnym, ; ; ; ;