.. Dołączył do oddziału Józefa Miniewskiego. Bił się pod Krzykawką, gdzie był świadkiem śmierci Francesca Nullo podał, że Matejko dostał się wówczas do niewoli rosyjskiej.. Po klęsce wrócił do Krakowa (7 maja), gdzie został aresztowany za udział w potyczce pod Szklarami i uwięziony na Wawelu, ówcześnie cytadeli austriackiej twierdzy. Jak się zdaje, wolność odzyskał w marcu 1864 roku; ; ..
Lata po powstaniu 1 kwietnia 1864 roku otrzymał posadę nauczyciela hodowli zwierząt i administracji rolnej w szkole rolniczej w Czernichowie. Uczył tam przez rok, po czym zrezygnował.. W 1869 roku objął w dzierżawę wieś Bieńczyce, należącą do kolegiaty św. Floriana w Krakowie. Spędził tam następne dwadzieścia cztery lata, angażując się w akcje oświatowe i społeczne, jednak choć podaje się, że „gospodarował w nich wzorowo” (tu błędnie podano, iż wieś należała do klasztoru norbertanek)., to nie odniósł sukcesów finansowych. Popadł w długi, które w latach 80. pomógł mu spłacić Jan Matejko. Ostatecznie zrezygnował z posady;