Od zwycięstwa komunistów w chińskiej wojnie domowej w 1949 prefektura apostolska, podobnie jak cały prześladowany Kościół katolicki w Chinach, nie może normalnie działać. Prefekt apostolski Holender o. Quintinus Pessers OFM został aresztowany już w 1947. W tym samym roku Ministerstwo Spraw Zagranicznych Holandii za holenderskim ambasadorem w Chinach podało informację o śmierci o. Pessersa przez ukamienowanie i ścięcie. Odprawiono za niego msze żałobne, jednak w 1950 okazało się, że hierarcha żyje i został wypuszczony na wolność. Po wyjściu z więzienia o. Pessers odmówił opuszczenia Chin i powrócił do posługi prefekta, którą pełnił do 13 maja 1954, kiedy to został aresztowany i wydalony z komunistycznych Chingeheugenvantilburg.nl.
W 1982 Patriotyczne Stowarzyszenie Katolików Chińskich w miejsce prefektury apostolskiej Xinjiang utworzyło diecezję Yuncheng. Odbyło się to bez zgody Stolicy Apostolskiej, więc z punktu widzenia prawa kanonicznego decyzja ta jest nielegalna i niewiążącaucanews.com.
W 1982 prefektem w Kościele podziemnym został potajemnie wyświęcony na biskupa Augustine Zheng Shouduo. Lata 1964–1979 spędził on w obozach pracy jako kontrrewolucjonista. W 1991 przystąpił do PSKCh i zyskał uznanie władz państwowych. Zmarł w 2006chinacatholic.orgCCCP Bishops List.