W 1996 bp Zheng Shouduo udzielił sakry biskupiej ks. Josaphatowi Li Hongguangowi, który został jego koadiutorem. Li Hongguang objął prefekturę po śmierci bp Zhenga Shouduo, jednak kilka miesięcy później zmarł i onzenit.org.
W maju 2009 Benedykt XVI mianował kolejnym prefektem apostolskim Xinjiang ks. Petera Wu Junweia. Cztery miesiące później biskupem Yunchengu wybrało go Patriotyczne Stowarzyszenie Katolików Chińskich. Wu Junwei przyjął sakrę biskupią w 2010 i cieszył się uznaniem zarówno Stolicy Apostolskiej jak i rządu w Pekinie. Bp Wu Junwei był wnukiem wujecznym św. Piotra Wu Anbangaucanews.com.
W 2010 prefektura liczyła 15 000 katolików, 28 kapłanów i 40 sióstr zakonnych. Prawie wszyscy wierni byli rolnikamiasianews.it.
29 kwietnia 2025 Patriotyczne Stowarzyszenie Katolików Chińskich wybrało Li Janlina na prefekta apostolskiego, pomimo że w tym czasie trwała sediswakancja i papież nie mógł go mianować. Wybór taki jest również sprzeczny z porozumieniem Chin i Watykanu z 2018, przewidującym każdorazową akceptację nominata przez papieża.