W wersji 3.0, Mastodon porzucił obsługę protokołu OStatus.
Istnieje wiele aplikacji współdziałających z API Mastodona, pozwalających na korzystanie z sieci na urządzeniach mobilnych, komputerach i przeglądarkach internetowych. Aplikacje wspierają m.in. systemy Windows, macOS, Linux, Android, iOS i Sailfish.
W lipcu 2021 wydano oficjalną aplikację Mastodona na urządzenia z systemem iOS, a w kwietniu 2022 wydano aplikację na system Android.
Mastodon jako alternatywa dla X
Twitter (obecnie X) w październiku 2022 został przejęty przez Elona Muska, który wprowadził zmiany krytykowane przez użytkowników serwisu. Spowodowało to falę rejestracji w sieci Mastodon, która stanowiła alternatywę dla Twittera. W ciągu pierwszych kilku dni listopada sieć wzrosła o 55%. Duże zainteresowanie siecią spowodowało przejściowe problemy techniczne, jednocześnie zaczęły powstawać kolejne serwery (instancje).
19 marca 2023 na Mastodonie było już 10 milionów kont. W kolejnych miesiącach liczba kont wzrastała, jednak liczba aktywnych użytkowników utrzymywała się na podobnym poziomie. Z początkiem 2025 z Mastodona korzystało aktywnie ok. 800 tys. osób, w sieci było 10200 aktywnych serwerów.
Finansowanie W 2023 roku Mastodon otrzymał finansowanie na łączną kwotę 545 tys.