Użytkownicy mogą komunikować się między połączonymi serwerami Mastodon za pomocą nazw użytkowników podobnych do adresów e-mail.
Na początku 2017 roku, Mastodon został wyróżniony przez dziennikarzy względem Twittera, ze względu na zapobieganie publikacji treści niepożądanych na danej instancji. Pozwala na to moderowanie treści przez ich właścicieli. Dla przykładu, sztandarowa instancja Mastodon.social nie pozwala na treści niedozwolone we Francji i Niemczech, takie jak nazistowskie symbole i negacjonizm. Według właściciela serwisu, podział na małe społeczności lepiej zapobiega nieodpowiednim zachowaniom. Tak jak na X, użytkownicy mogą zgłaszać nieodpowiednie treści administracji instancji.
Wykorzystane technologie thumb|Film wyjaśniający działanie Mastodona Mastodon jest wolną i otwartą aplikacją sieciową przeznaczoną dla federowanego mikroblogowania, do której każdy może wnieść swój kod i którą każdy może uruchomić na własnej infrastrukturze serwerowej lub dołączyć do serwerów prowadzonych przez innych ludzi. Back-end jest napisany w Ruby on Rails i front-end w JavaScript (React.js i Redux). Oprogramowanie bazy danych to PostgreSQL. Usługa jest kompatybilna z instancjami platform kompatybilnych z ActivityPub.