W 1992–2000 był trenerem Petrochemii Płock, z którym odnosił największe sukcesy w karierze trenerskiej: mistrzostwo Polski (1995), pięciokrotne wicemistrzostwo Polski (1993, 1996, 1997, 1999, 2000), dwukrotnie brązowy medal mistrzostw Polski (1994, 1998) oraz pięciokrotnie Puchar Polski (1995, 1996, 1997, 1998, 1999), a także ćwierćfinały Pucharu EHF (1994) i Pucharu Zdobywców Pucharów (1997).
Reprezentacja Polski Sukcesy Bogdana Zajączkowskiego w Wiśle Płock spowodowały, że ZPRP powierzył mu funkcję selekcjonera męskiej reprezentacji Polski, która pod wodzą Zajączkowskiego po raz pierwszy w historii grała na mistrzostwach Europy (2002 w Szwecji - 15. miejsce, 2004 w Słowenii - 16. miejsce) oraz po 13 latach awansowała na mistrzostwa świata 2003 w Portugalii, na których zajęła 10. miejsce. Bogdan Zajączkowski po nieudanych kwalifikacjach do igrzysk olimpijskich 2004 w Atenach dnia 19 kwietnia 2004 roku podał się do dymisji.
Dalsza kariera W latach 2006–2008 Bogdan Zajączkowski ponownie był trenerem Wisły Płock, z którym zdobył mistrzostwo Polski (2008) oraz wicemistrzostwo Polski (2007) oraz dwukrotnie Puchar Polski (2007, 2008).