Dnia 27 października 2009 roku Zajączkowski został wiceprezesem Wisły PłockBogdan Zajączkowski wiceprezesem Wisły [data dostępu: 2008-10-27], jednak dnia 1 grudnia 2009 roku został z tej funkcji odwołanyJuż oficjalnie: Zajączkowski odwołany [data dostępu: 2009-12-01].
W latach 2009–2010 trenował tunezyjski Club Africain, a w latach 2011–2012 Powen ZabrzeBogdan Zajączkowski trenerem Powenu Zabrze [data dostępu: 2011-06-22]Bogdan Zajączkowski o odejściu z Powena Zabrze [data dostępu: 2012-11-26], z którym zajął 6. miejsce w ekstraklasie polskiej w sezonie 2011/2012.
Obecnie Bogdan Zajączkowski jest dyrektorem Szkoły Mistrzostwa Sportowego Związku Piłki Ręcznej w PolsceBogdan Zajączkowski dyrektorem szkoły dla piłkarek ręcznych [data dostępu: 2013-06-11].
Życie prywatne Bogdan Zajączkowski jest żonaty, ma dwie córki. Jego pasją jest muzyka. Bardzo lubi grać na saksofonie. W 2010 roku bez powodzenia startował do Rady Miasta Płocka w wyborach samorządowych 2010Nowy trener Zabrza: Brakowało mi adrenaliny [data dostępu: 2011-07-13].
Odznaczenia i wyróżnienia Bogdan Zajączkowski za swoje sukcesy w Wiśle Płock został w 1996 roku uhonorowany medalem „Zasłużony dla Płocka”.