W okresie międzywojennym miał stopień pułkownika.
Życie prywatne mały|Grób Emila Rauera na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie Emil Rauer był żonaty z Bronisławą de domo Car (ślub 21 sierpnia 1897; żona zmarła w 1901; mieli zmarłą w dzieciństwie córkę Janinę), Jadwigą ze Skorynów, córką przemysłowca i społecznika Cezarego Skoryny (1841–1903) (ślub 9 czerwca 1910; rozwiedzeni) i Heleną z Makowieckich (ślub 26 czerwca 1927; żona przeżyła męża i zmarła w 1965 roku).
Polski Słownik Biograficzny podaje, że nie udało się ustalić losów Emila Rauera na początku II wojny światowej. Wiadomo, że został aresztowany przez Niemców 10 listopada 1942 i przebywał w więzieniu na Pawiaku. We wspomnieniach jednego ze współwięźniów został opisany jako „bardzo słaby i wyczerpany, chwilami umierający”. Zwolniono go 10 maja 1943 w takim stanie, że jak podaje Polski Słownik Biograficzny, zmarł w Warszawie jesienią tego samego roku. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 211-1-10,11), a na nagrobku zapisano jako dzień śmierci 13 grudnia 1943 roku.