Z dniem 1 lutego 1920 struktury WSK w województwach: warszawskim, lubelskim, kieleckim, łódzkim i białostockim oraz w mieście stołecznym Warszawie zostały wcielone do Policji Państwowej. Rozkaz Emila Rauera przytoczony w wydanej przez samą WSK własnej historii wskazuje, że ze służby odszedł w tym właśnie momencie. Jednak Polski Słownik Biograficzny podaje, że w trakcie wojny polsko-radzieckiej w lipcu 1920 Emil Rauer walczył w obronie linii kolejowej ze Stanisławowa do Lwowa jako dowódca kompanii WSK, po czym dopiero pod koniec 1920 roku odszedł ze służby wojskowej. Wyjaśnieniem rozbieżności może być fakt, że wspomniana broszura WSK informuje, iż Emil Rauer miał (czas przyszły w momencie jej wydawania) przejąć dowództwo na kresach wschodnich, gdzie już istniała dyrekcja wileńska i powstawała dyrekcja wołyńska Straży, które nie zostały włączone do policji.
W późniejszym okresie współorganizował Związek Byłych Uczestników WSK i zasiadał w jego władzach, był między innymi jego prezesem. Był także członkiem zarządu głównego Federacji Polskich Związków Obrońców Ojczyzny.