Początkowa oferta przewoźnika w regionie bałtyckim zawierała 19 kierunków w ramach 5 regularnych linii, łączących główne miasta krajów bałtyckich z Warszawą i Berlinem.
W związku z przedłużającą się pandemią aż do połowy następnego roku, obostrzenia nie pozwalały na dynamiczny rozwój nowych połączeń. Jednak już w lipcu 2021 r. nastąpił największy restart siatki połączeń FlixBusa po pandemii, a firma stale podporządkowywała się nowym procedurom sanitarnym, dbając o utrzymanie standardów bezpieczeństwa na pokładzie pojazdów.
Wraz z początkiem 2022 r. oraz wybuchem wojny na Ukrainie, FlixBus ogłosił pełną mobilizację w celu wsparcia ruchu migracyjnego i pomocy uchodźcom. We współpracy z Caritas i PCK, przewoźnik transportował dary ze zbiórek dla Ukrainy, które następnie trafiały do osób potrzebujących oraz na front. Z inicjatywy pracowników firma przekazała również ponad 3000 voucherów, aby umożliwić ludziom ewakuację z kraju.
W lipcu 2022 Flix obchodził drugą rocznicę działalności w krajach bałtyckich oraz otwarcie pierwszego w Tallinnie FlixShopu, który jednocześnie stał się głównym hubem przesiadkowym regionu bałtyckiego.