W planach jest dalsze zwiększanie liczby kursów, w tym także na wschód od Polski.
W styczniu 2019 r. uruchomiono drugi punkt obsługi klienta w Polsce, czyli FlixShop, który znajduje się w Krakowie na dworcu autobusowym MDA przy ul. Bosackiej 18. W połowie roku oficjalnie otworzono biuro FlixBusa w Kijowie, co przypieczętowało rozpoczęcie działalności firmy na terenie Ukrainy. Również w kwietniu 2019 r. miała miejsce pierwsza edycja Akademii Kierowcy, której celem jest doszkalanie kierowców w aspekcie prowadzenia autobusu w trudnych, kontrolowanych warunkach oraz odpowiednie reagowanie w sytuacjach krytycznych. Pod koniec 2019 roku, czyli po dwóch latach działalności firmy w Polsce, w siatce FlixBusa znajdowało się już 250 połączeń.
Z początkiem 2020 r., wraz z wybuchem pandemii COVID-19, nastąpiło zamknięcie większości połączeń ze względu na rządowe obostrzenia i wdrożenie procedur sanitarnych. Jednak już w połowie roku, gdy restrykcje zostały częściowo zniesione, FlixBus rozpoczął swoje pierwsze kursy na Litwie, Łotwie i Estonii.