Pod koniec 2017 roku zapowiedziano integrację sieci połączeń PolskiBus.com z siecią FlixBus. W następstwie wszystkie połączenia polskiego przewoźnika weszły w siatkę połączeń FlixBus. Wszystkie autokary zostały przemalowane w zielono-pomarańczowe barwy, zostały także dostosowane do wymagań FlixBusa. Wśród polskich przewoźników, którzy stali się podwykonawcami Flix znalazły się również takie firmy jak Mobilis, PKS Bydgoszcz, PKS Szczecinek, Polbus-PKS Wrocław, Inter i Voyager.
W siatce połączeń FlixBus w Polsce znalazły się również cztery polskie porty lotnicze: Wrocław-Strachowice, Kraków-Balice, Warszawa-Modlin oraz Katowice-Pyrzowice. W połowie 2018 roku na dworcu autobusowym Warszawa-Młociny został otwarty pierwszy w Polsce punkt obsługi klienta FlixShop. Bilety są także dostępne w partnerskich punktach sprzedaży na terenie całego kraju.
W pierwszym półroczu 2018 FlixBus przewiózł w Polsce 2 mln pasażerów, a średnie zapełnienie autokaru wyniosło 60%. W Polsce w sieci FlixBus w 2018 roku znajdowało się 18 przewoźników dysponujących 150 autokarami i zatrudniającymi 600 kierowców. W rozkładzie jazdy na 2018 roku w siatce połączeń znajdowało się 70 miejscowości w Polsce oraz 20 miejscowości w Europie z bezpośrednim połączeniem do Polski.