16 lutego 1999 otrzymał nominację Ministra Zdrowia na stanowisko profesora zwyczajnego w Akademii Medycznej w Warszawie.
Profesor Jerzy Kiwerski od 1981 do 2007 był Kierownikiem Katedry i Kliniki Rehabilitacji Akademii Medycznej w Warszawie, a w latach 1991–1998 równolegle Naczelnym Dyrektorem Centrum Rehabilitacji im. Prof. Mariana Weissa. W okresie od 1973 do 1999 pełnił funkcję ordynatora oddziału neuroortopedycznego Centrum Rehabilitacji w Konstancinie. Oddział, który prowadził był jedynym tego rodzaju w kraju – zajmował się kompleksowym leczeniem chorych po urazie kręgosłupa.
W latach 1987–1991 był członkiem Krajowego Zespołu Specjalistycznego w dziedzinie rehabilitacji, a także konsultantem regionalnym do spraw rehabilitacji. Od 1982 do 2002 był specjalistą wojewódzkim, dla województwa stołecznego do spraw rehabilitacji. W latach 1981–1990 był kierownikiem programu resortowego MZXII "Rehabilitacja".