Sztandarowym projektem Fundacji od początku jej istnienia jest program “Horyzonty” (wcześniej “Marzenie o Nauce”) w ramach którego organizacja przyznaje stypendia zdolnym uczniom z małych miejscowości w całej Polsce, by mogli ukończyć najlepsze licea lub technika. Podczas trwania stypendium zapewnia im wsparcie finansowe pokrywające wydatki edukacyjne, ale także wspiera rozwój ich zainteresowań pozaszkolnych oraz dba o rozwój kompetencji społecznych. Do końca 2024 program “Horyzonty” objął wsparciem 1045 uczniów i uczennic. Od 2016 program współfinansowany jest przez Fundację Rodziny Staraków.
Przy wsparciu merytorycznym i finansowym fundacji działa, jako niezależna organizacja, Stowarzyszenie Alumni EFC i FRS.
W latach 2017-2023 roku, we współpracy z Fundacją Szkoła z Klasą, Edukacyjna Fundacja Czerneckiego realizowała program grantowy “Edukacja Inspiracja” wspierający nauczycieli z małych miejscowości w realizacji innowacyjnych projektów edukacyjnych z uczniami.
W latach 2018-2023 Fundacja przyznawała Nagrodę im. prof. Romana Czerneckiego za wybitne publikacje naukowe i popularnonaukowe w dziedzinie edukacji, promujące refleksję nad współczesnym systemem edukacyjnym.