Hydrografia lewo|mały|Nizina Amazonki - zdjęcie z satelity W Regionie Północnym znajduje się największa sieć hydrograficzna na świecie - dorzecze Amazonki, składające się z Amazonki i jej dopływów. Jego powierzchnia wynosi 6.110.000 km² i leży ono na obszarze kilku krajów w Ameryce Południowej: Brazylii (63%), Peru (17%), Boliwii (11%), Kolumbii (5,8%), Ekwadoru (2,2%), Wenezueli (0,7%) i Gujany (0,2%). Długość Amazonki jest sprawą kontrowersyjną. Jej ujście do Atlantyku znajduje się w stanie Pará, a źródło w peruwiańskich Andach, jednak żadnej z wielu ekspedycjji nie udało się jednoznacznie ustalić, gdzie dokładnie rzeka bierze swój początek, stąd też jej długość może wynosić od 6400 do 6992 km. Gdyby wykazano, że prawdziwa jest ta druga wartość, wówczas Amazonka byłaby najdłuższą rzeką na świecie, zajmując miejsce Nilu.
Drugim pod względem wielkości dorzeczem w regionie, położonym w całości na terenie Brazylii jest Araguaia-Tocantins.
W Regionie Północnym znajdują się trzy największe wyspy rzeczne świata: Marajó w stanie Pará u ujścia Amazonki do Atlantyku, Wyspa Bananowa na rzekach Araguaia i Rio Javaés oraz Tupinambarana na Amazonce.