Jezuici próbowali walczyć z niewolnictwem Indian i w 1655 roku doprowadzili do uchwalenia przez portugalską koronę prawa, które zakazywało brania Indian w niewolę. Portugalscy koloniści sprzeciwiali się postawie zakonników i w rezultacie jezuici zostali wygnani z Belém w 1661 roku. Niewolnictwo Indian zniesiono ostatecznie dopiero w 1680 roku.
Pod koniec XVII wieku Portugalczycy zaczęli osiedlać się w północno-zachodniej części Amazonii. W 1690 roku założyli przyczółek nad rzeką Rio Negro, w pobliżu Manaus. W 1755 roku ten region został wydzielony jako osobna kapitania, Rio Negro.
W XIX wieku rozpoczął się boom kauczukowy (1879-1912), który miał duże znaczenie gospodarcze i społeczne dla regionu. Zaczęli się tu osiedlać liczni osadnicy z innych rejonów Brazylii, a także Europejczycy, nastąpił rozwój miast takich jak Manaus, Porto Velho czy Belém. W czasach dyktatury wojskowej (1964-85) władze szczególnie interesowały się Regionem Północnym, co było związane z obawami o zapewnienie bezpieczeństwa i obroną przed ewentualnymi inwazjami. Podjęto wysiłki aby skomunikować Północ z resztą kraju, rozpoczęto budowę Transamazoniki, która miała łączyć zachodnie krańce Amazonii z wybrzeżem Atlantyku.