Następnie, razem z „Działyńczykami” (tak zwano żołnierzy 10 Regimentu od nazwiska ówczesnego dowódcy Ignacego Działyńskiego) Greffen wziął udział w insurekcji warszawskiej (17–19 kwietnia 1794), gdzie obok Zeydlitza (od czerwca 1794 dowódcy 10 Regimentu Pieszego) uważany jest za jednego z wojskowych przywódców powstania w stolicy. Prawdopodobnie brał udział w kolejnych bitwach powstania kościuszkowskiego, aż do przegranej pod Maciejowicami (10 października 1794), gdzie regiment „Działyńczyków” został zniszczony.
Po upadku I Rzeczypospolitej (1795) Greffen osiadł w Kaliszu, który znalazł się w zaborze pruskim. Nie jest znana z tego okresu jego działalność publiczna lub wojskowa.
Gdy Królestwo Prus padało pod ciosami napoleońskiej Wielkiej Armii, na terenie Wielkopolski pod koniec 1806 wybuchło powstanie. Greffen mieszkał wtenczas w zabudowaniach kaliskiego Korpusu kadetów przy ulicy Babinej. W 1807, po zakończeniu działań wojennych i podpisaniu pokoju z Rosją, powstało Księstwo Warszawskie. Doszło wtedy do przeformowania pułków dotychczasowej Legii Kaliskiej i Greffen miał zostać majorem 7 Pułku Piechoty (wcześniej 3 Pułk Legii Kaliskiej) nowo powstałej polskiej armii.