Zarzucono mu, że opowiadając się za niepodległością Besarabii, a potem za jej wejściem w skład państwa rumuńskiego wykazał się postawą antyradziecką, a ponadto w kolejnych latach zwalczał ruch rewolucyjny. Oskarżono go o przestępstwa przeciwko klasie robotniczej i ruchowi rewolucyjnemu, kontrrewolucyjnego sabotażu i wspierania burżuazji. Podczas śledztwa ks. Baltagă oznajmił, że jest przeciwnikiem rewolucji i głosował za zjednoczeniem Besarabii i Rumunii, by jej uniknąć. Określił się jako besarabski nacjonalista i wyraziciel nastrojów mołdawskiego duchowieństwa, poddawanego rusyfikacji przez biskupów kiszyniowskich takich jak Paweł (Lebiediew) i Serafin (Cziczagow). Wobec ataku III Rzeszy na Związek Radziecki 22 czerwca 1941 r. jego proces nie został ukończony w Kiszyniowie. Duchowny został wywieziony przez NKWD do Kazania i zmarł tam w sierpniu 1941 r. w więziennym szpitalu.
Miał dwoje adoptowanych dzieci: syna Vsevoloda i córkę Margaretę. Jego żona i dzieci w 1940 r. uciekły przed armią radziecką na drugą stronę Prutu.