W „noc sierpniową” Pułaski podżegał także do powieszenia Maurycego Mochnackiego, do którego żywił osobiste urazy. Zamierzenia swego Pułaski nie zdołał zrealizować, jednak siepacze księdza splądrowali dom rodziny Mochnackich przy ul. Długiej. Gen. Krukowiecki obarczał Pułaskiego (a także Jana Czyńskiego) winą za masakrę sierpniową; w listach do żony obu określał mianem „potworów”. Trzy dni po tych wypadkach, rozkazał aresztować Pułaskiego, jednak wkrótce (22 sierpnia) pod naciskiem opinii publicznej i wobec braku obciążających dowodów ksiądz odzyskał wolność. Pułaski przejął papiery Towarzystwa Patriotycznego, gdy zostało ono rozwiązane przez gen. Krukowieckiego.
7 września, podczas walk o Warszawę, Pułaski wraz z towarzyszami, dawnymi „klubistami”, bezskutecznie wzywał ludność do obrony miasta.
Był jednym z sygnatariuszy podpisanej w dniu 15 września 1831 w Zakroczymiu odezwy do narodów Europy zachodniej, wzywającej do udzielenia gościny i otoczenia opieką żołnierzy polskich po upadku powstania listopadowego.
Na emigracji We Francji