Ogłoszenie w 1957 nowego porządku wywołało kryzys państwowy. 15 lutego 1957 w wyniku rebelii na Sumatrze powstał Rewolucyjny Rząd Republiki Indonezji. Fakt ten spowodował również rozłam w PSI, gdyż część działaczy popierała rewolucjonistów zajmując przy tym funkcje ministerialne w rewolucyjnym rządzie. Kierownictwo PSI, pomimo swojego sprzeciwu wobec planów Sukarno, nie poparło rządu z Sumatry. Ostatecznie interwencja zbrojna wojsk lojalnych wobec Sukarno położyła kres rebelii.
W czerwcu 1960 roku, Sukarno wydał dekret delegalizujący partie i stowarzyszenia nielojalne wobec nowego systemu. Dokument ten wymieniał takie partie jak PSI czy islamskie Masyumi.
Ideologia partyjna Ideologia partyjna PSI łączyła w sobie elementy klasycznych idei marksistowskich oraz fabianizmu. Członkowie PSI odrzucali rewolucję jako metodę przejścia z kapitalizmu do socjalizmu, zaznaczając przy tym, iż zatrzymanie części prywatnych środków produkcji oraz wzrost inwestycji zagranicznych mogą mieć pozytywny wpływ na unowocześnienie państwa. Ugrupowanie odrzucało nacjonalizm. W polityce zagranicznej PSI optowało za statusem neutralnym państwa.