Rozpoczęto także zorganizowaną akcję ludobójstwa osób powiązanych z PKI oraz podejrzanych o sympatie komunistyczne. Czynny udział w morderstwach brali udział żołnierze, specjalnie przeszkolone w tym celu bojówki oraz kryminaliści zwolnieni z więzień przez Suharto. Za przyzwoleniem faktycznych nowych władz, dochodziło również do samosądów na obszarach wiejskich.
Według różnych statystyk w 1965–66 roku zostało zamordowanych od 600 tysięcy do ponad dwóch milionów ludzi. Poza eksterminacją, stworzono również obozy koncentracyjne. Setki tysięcy ludzi, którzy uniknęli czystek, zesłanych zostało do obozu na wyspie Buru, w zachodniej części Moluków. Pośród nich były również dzieci w wieku przedszkolnym, wzięte w zastępstwie osób, które ukryły się przed pogromem.
Dzięki zdławieniu rebelii, gen. Suharto przejął faktyczną władzę w państwie. 11 marca 1966 Sukarno został zmuszony do oddania władzy i osadzono go w areszcie domowym w którym przebywał aż do śmierci w 1970 roku. 12 marca 1967, Suharto został ogłoszony dożywotnim prezydentem państwa, rozpoczynając tym samym dyktatorskie rządu, aż do jego obalenia w 1998 roku.