Zęby szczęki i żuchwy zachodziły na siebie, tworząc zygzakowaty kontur brzytwy. Przednie zęby były gęsto upakowane, tylne nieco luźniej, z przerwami dla zębów na wprost nich. Ostry wyrostek między dwoma zębami na przedzie żuchwy opisano pod nazwą odontoid, co znaczy „pseudoząb”, wcześniej zinterpretowano go jako właściwy ząb. Mogła pokrywać go keratynowa otoczka, tak że współtworzył z zębami zgryz.
Poza czaszką szkielet Istiodactylus przypominał kośćce innych Ornithocheiroidea. Kręgosłup, kończyny przednie i tylne oraz kości tułowia cechowała pneumatyzacja – kości obejmowały worki powietrzne. Kręgi miały wysokie łuki kręgowe, opadające w dół blaszki. Połączone kręgi w okolicy pasa barkowego w liczbie sześciu tworzyły notarium. Ich wyrostki kolczyste łączyły się w jedną płytkę połączoną stawowo z łopatką. Główna część mostka była bardzo głęboka, z łukowatym przednim brzegiem i płytkim, trójkątnym grzebieniem. Powierzchnia mostka kontaktująca się z kością kruczą miała kształt siodła, była asymetryczna. Krępa kość ramienna nosiła ostro zakrzywiony grzebień naramienno-piersiowy. Istiodactylidae miały duże, do 4,5 raza dłuższe od tylnych, kończyny przednie. Długi palec, na którym opierała się błona, stanowić mógł aż połowę szkieletu skrzydła.