Klasztor w 1945 roku i później mały|Schody wewnątrz wschodniej części klasztoru Klasztor, podobnie jak cały Nowogrodziec, niemal do końca wojny nie doświadczył żadnych zniszczeń ani nie był świadkiem działań bojowych. Dopiero w lutym 1945 roku pod miasto podeszły wojska sowieckie. W odróżnieniu od pobliskiego Bolesławca, Nowogrodziec bronił się przed Armią Czerwoną i wytrzymał osiem dni oblężenia. Zakończyło się ono wyparciem Niemców z miasta i zniszczeniem znacznej części zabudowy miasta. Zniszczenia spotęgowały rabunki i podpalenia. Sowieci nie oszczędzili budynków poklasztornych, powodując znaczne zniszczenia i grabiąc wszystko, co się tylko dało. W pierwszych powojennych latach krążyły wręcz pogłoski o gwałtach, jakich mieli tam dokonywać. Opuszczone budynki klasztorne w miarę upływu lat niszczały coraz bardziej, zarastając roślinnością.