Wiosną 1942 roku podjęto działania scalające z AK wszystkie ogniwa konspiracji w rejonie Kórnika. W maju Woźniak został powołany na szefa Referatu Wojskowego w Inspektoracie Regionalnym AK Środa i awansowany do stopnia podporucznika. Kiedy we wrześniu doszło do pierwszych aresztowań w okolicach Kórnika i stało się jasne, że Gestapo rozbije placówkę „Topola”, komendant „Smoły” otrzymał propozycję natychmiastowego wyjazdu z Kraju Warty. Z tej możliwości nie skorzystał. Gdy 5 października do gazowni przybyło Gestapo, Woźniak pozbawił się życia, rzucając się do zbiornika smoły pogazowej. Zgodnie z planem „Ter”, aresztowani mogli zrzucić na niego winę, próbując ratować swoje życie. Jak się okazało, dobrowolna śmierć Woźniaka doprowadziła do uratowania wielu osób zaangażowanych w działalność AK na terenie Kórnika.
Stanisław Woźniak pozostawił żonę Józefę oraz osierocił trójkę dzieci. Został pochowany 8 października 1942 r. na cmentarzu parafialnym w Kórniku. Pośmiertnie odznaczono go: Krzyżem Virtuti Militari V klasy, Medalem Wojska czterokrotnie