Jeszcze więcej trudności sprawia pozyskanie organizmu zwierzęcego, który we wszystkich komórkach zawierałby zmodyfikowany DNA. Jedną z technik używanych w przypadku takich ssaków jak myszy jest usunięcie zapłodnionego jaja z jajowodów, zastosowanie mikroiniekcji genu oraz ponowne umieszczenie transformowanych komórek w układzie rozrodczym matki. Technika ta jest jednak nieskuteczna w przypadku wielu innych ssaków i wtedy stosuje się nieco inną technikę klonowania – transferu jądra z komórki somatycznej. Mikroiniekcję pożądanego genu przeprowadza się w tym wypadku na komórce somatycznej, co jest bardziej wydajnym zabiegiem niż na zapłodnionym jaju. Następnie jej jądro jest usuwane i umieszczane w oocycie, którego własne jądro zostało usunięte. Taka komórka wszczepiana jest do macicy matki zastępczej.
Wektory
Fragmenty DNA mogą być wprowadzane do komórek za pośrednictwem wektorów zapewniających powielanie wprowadzonego genu (wektory klonujące), często również zapewniających jego wydajną ekspresję (wektory ekspresyjne). Wektor jest cząsteczką DNA. Może ona mieć formę plazmidu, faga, sztucznego chromosomu, kosmidu. Istotne jest dopasowanie wektora i organizmu gospodarza. Nie istnieją uniwersalne wektory do wszystkich rodzajów komórek.