Najważniejszym elementem charakteryzującym jego specyficzność jest miejsce inicjacji replikacji ori. Jeśli ma służyć do namnażania fragmentów DNA w dwóch różnych organizmach, musi mieć odpowiednie sekwencje ori obu organizmów.
Poza tym wektory posiadają zwykle tzw. markery – geny nadające łatwo dostrzegalne cechy fenotypowe pozwalające odróżnić, które komórki przyjęły wektor, oraz które komórki przyjęły taki wektor, do którego z powodzeniem został wbudowany pożądany fragment DNA.
Zarówno wektor, jak i klonowany DNA musi zostać przecięty tym samym enzymem restrykcyjnym. Na końcach wektora i klonowanego DNA powstają wtedy jednoniciowe komplementarne zakończenia (lepkie końce). Po wymieszaniu tak przeciętych fragmentów DNA z przeciętymi wektorami w obecności ligazy DNA następuje ich łączenie. Otrzymane hybrydowe cząsteczki mogą być następne przeznaczone do wprowadzenia do komórki gospodarza. Gen pochodzący z jednego organizmu rzadko ulega ekspresji w innym organizmie. Problem ten może być jednak przezwyciężony przez użycie wektorów ekspresyjnych.