Wprowadzanie DNA do komórek Można wyróżnić dwa główne typy transformacji genetycznej zachodzącej przy klonowaniu DNA – transformację autonomiczną i transformację integracyjną. W przypadku transformacji autonomicznej wprowadzony DNA replikuje się niezależnie od genomu biorcy (np. w ramach replikacji plazmidu). Techniki klonowania wykorzystujące ten typ transformacji najczęściej stosuje się do mikroorganizmów.
W wariancie integracyjnym wprowadzony DNA wbudowywany jest w genom biorcy i replikuje się wspólnie z nim. W ten sposób najczęściej transformowane są organizmy wyższe. Wprowadzanie obcego DNA do genomu biorcy może zachodzić dzięki aktywności enzymów biorących udział w naprawie uszkodzeń DNA i rekombinacji. Łączenie dwóch dowolnych końców liniowego, dwuniciowego DNA może zachodzić na zasadzie rekombinacji niehomologicznej, jednak w wyniku tego procesu wprowadzane DNA wbudowywane jest w przypadkowym miejscu w genomie. Trudniejsza jest integracja DNA w konkretne miejsce w genomie. W tym wypadku wektor musi posiadać dodatkowe sekwencje, aby umożliwić zajście rekombinacji homologicznej. Aby upewnić się, że transgen został wbudowany w genomowe DNA można zastosować metody cytogenetyki molekularnej.