Jednostką dowodził capitán de fragata (komandor porucznik) Pedro Martín Fernández, w składzie załogi znajdowała się również pierwsza Argentynka służąca na pokładzie okrętu podwodnego – teniente de navío (kapitan) Eliana María Krawczyk, zajmująca stanowisko dowódcy działu uzbrojenia.
Władze argentyńskie rozpoczęły akcję poszukiwawczo-ratowniczą, do której zaangażowano okręty nawodne i lotnictwo, a wsparcia udzieliły także inne kraje, między innymi Stany Zjednoczone (samolot Lockheed P-3 Orion należący do NASA) i Wielka Brytania. Akcję skupiono na obszarze na wschód od Zatoki San Jorge, a następnie dalej na północ i wschód. W początkowym okresie poszukiwania odbywały się w bardzo trudnych warunkach pogodowych.
17 listopada Argentyna skierowała do akcji ratowniczej wszystkie dostępne jednostki i ogłosiła, że przyjmie pomoc ze strony kolejnych państw. W sobotę 18 listopada odebrano sygnały, które początkowo uznano za dowód, że „San Juan” jest na powierzchni i próbuje nawiązać łączność satelitarną z lądem, lecz ostatecznie okazało się, że sygnały te nie pochodziły z zaginionej jednostki.