W 1960 przyjął propozycję pracy w lotnictwie sanitarnym. Został pilotem w utworzonym wówczas Zespole Lotnictwa Sanitarnego w Rzeszowie. Po roku przeszedł kurs śmigłowcowy i w 1961 podjął pracę w utworzonej wówczas bazie lotnictwa sanitarnego w Sanoku, zostając drugim pilotem. Od 1962 był pierwszym pilotem oraz kierownikiem tamtejszego oddziału Zespołu Lotnictwa Sanitarnego, zastępując na tym stanowisku Jerzego Rzewuskiego. Sanocki oddział ZLS, określany jako Bieszczadzkie Pogotowie Lotnicze, działał na lotnisku bazowym, położonym na Białej Górze na brzegu rzeki San. Około roku 1968 Jerzy Mendyka wykonał kurs ratunkowy śmigłowcem SM-1 w porze nocnej z Sanoka do Strażnicy WOP w Roztokach celem transportu nieprzytomnego żołnierza, co stanowiło bezprecedensowy i prawdopodobnie pierwszy w Polsce przypadek lotu nocą w górach. Historia tego zdarzenia została opisana w książce Juliana Woźniaka pt. Rzecz o pilotach. Nie boimy się generale (wyd. Krajowa Agencja Wydawnicza). Na początku lat 70. Mendyka był w randze starszego pilota. Uzyskał tytuł pilota I klasy. W ramach koordynacji i współpracy ratowniczo-medycznej w połowie lat 70. został także ratownikiem stacjonującej w Sanoku Grupy Bieszczadzkiej GOPR. Był również instruktorem, przy którym wyszkolenie przeszło kilkuset lotników.