Ważną rolę w życiu gospodarczym grodu odgrywało ponadto hutnictwo. thumb|left|Chemnitz w XVII wieku W roku 1539 w mieście wprowadzono reformację. Pod rządami Georgiusa Agricoli, niemieckiego humanisty, lekarza i mineraloga, który w latach 1546–1555 sprawował urząd burmistrza, Chemnitz było ważnym ośrodkiem humanizmu. Bujny rozwój miasta wyhamowały liczne klęski w XVII wieku: zaraza w latach 1612 i 1613, wielki pożar w 1631 oraz wojna trzydziestoletnia. 14 kwietnia 1639 miała tu miejsce bitwa, w której Szwedzi odnieśli zwycięstwo nad Saksonią. W ich wyniku liczba ludności spadła z 5500 do 3000. Część zabudowy została zniszczona, a miasto popadło w długi.
W początkach XVIII wieku Chemnitz osiągnęło ponownie stan zaludnienia sprzed wieku, miasto ucierpiało jednak ponownie w wyniku III wojny północnej oraz wojny siedmioletniej, podczas których było wielokrotnie plądrowane przez obce wojska i obciążane kontrybucjami. mały|lewo|Chemnitz (1914) Po 1800 roku Chemnitz stało się ważnym ośrodkiem przemysłowym, przede wszystkim włókienniczym. Za ojca włókiennictwa w tym regionie uważa się Johanna Esche, który rozpoczął produkcję rajstop i skarpet na szeroką skalę, stosując najnowsze techniki i francuskie maszyny. Region wokół Chemnitz zaczęto nazywać „Saksońskim Manchesterem”. W 1871 Chemnitz znalazło się w granicach Niemiec.